SegAnnDB : segmentation génomique interactive basée sur le Web.

Résumé Motivation : Les profils de nombre de copies d'ADN caractérisent les régions de gains, de pertes et de points de rupture chromosomiques dans les génomes tumoraux. Bien que de nombreux modèles aient été proposés pour détecter ces altérations, il n'est pas évident de savoir quel modèle est approprié avant l'inspection visuelle du signal, du bruit et des modèles pour un profil particulier. . Résultats : Nous proposons SegAnnDB, un système de vision par ordinateur basé sur le Web pour la segmentation génomique : il faut d'abord inspecter visuellement les profils et annoter manuellement les régions altérées, puis SegAnnDB détermine les emplacements précis des altérations en utilisant un modèle mathématique des données et des annotations. SegAnnDB facilite la collaboration entre biologistes et bioinformaticiens, et utilise le navigateur génomique de l'Université de Californie, Santa Cruz, pour visualiser les altérations du nombre de copies à côté des gènes connus. . Disponibilité et mise en œuvre : Le projet breakpoints sur INRIA GForge héberge le code source, une image machine Amazon peut être lancée et un site Web de démonstration est http://bioviz.rocq.inria.fr. . Contact : pj.ca.hcetit.sc.gs@ybot . Informations supplémentaires : Des données supplémentaires sont disponibles sur Bioinformatics online.