Analyse de la localisation des éléments de régulation de la transcription génomique par le biais du lasso pondéré de poisson.

Résumé Les distances entre les éléments régulateurs de transcription (TRE) de l'ADN fournissent des indices importants sur leurs dépendances et leur fonction dans le processus de régulation des gènes. Cependant, les emplacements de ces TRE ainsi que leurs distances croisées entre les occurrences sont stochastiques, en partie à cause des limitations inhérentes aux méthodes de séquençage de nouvelle génération utilisées pour les localiser, en partie à cause de la biologie elle-même. Cet article décrit une nouvelle approche de l'analyse de ces localisations et de leurs distances croisées, même à longue distance, via une convolution aléatoire de Poisson. Le problème de déconvolution qui en résulte est mal posé, et la régularisation de la sparsité est utilisée pour compenser ce défi. Contrairement aux travaux précédents sur les problèmes inverses de Poisson clairsemés, cet article adopte un estimateur LASSO pondéré avec des poids dépendant des données calculés à l'aide d'inégalités de concentration qui tiennent compte du bruit de Poisson. Cette méthode présente une meilleure erreur quadratique que le LASSO classique (non pondéré), à la fois dans les limites de performance théoriques et dans les études de simulation, et peut être facilement calculée à l'aide de solveurs LASSO standard.