Analyse du génome de Campylobacter : une alternative aux antibiogrammes classiques ?

Résumé Les bactéries du genre Campylobacter sont des bactéries impliquées en pathologie humaine, le plus souvent dans des infections intestinales de type entérite et ont pour origine, dans la majorité des cas, les animaux d’élevage (volailles, porcins) consommés dans l'alimentation. Le traitement antibiotique de ces infections entériques, bien que non systématique, est souvent conduit à l’aide de macrolides ou fluoroquinolones mais les infections systémiques peuvent nécessiter l’utilisation d’aminoglycosides comme la gentamicine. Des études récentes rapportent une augmentation de l’incidence de souches de Campylobacter présentant une résistance à la gentamicine. Par ailleurs, de telles souches présentent fréquemment de multiples résistances associées ce qui limite les alternatives thérapeutiques. L'analyse de douze génomes entiers de Campylobacter multirésistants a permis d'identifier de nouveaux gènes codant pour des enzymes modificatrices d’aminoglycosides ainsi qu’un probable nouveau gène de résistance à la lincomycine. Par ailleurs, des gènes de résistance connus dans d'autres genres bactériens ont été mis en évidence pour la première fois chez Campylobacter. La corrélation entre génotype et phénotype est de 100% pour les tétracyclines, les quinolones, l'ampicilline, l'érythromycine et les aminoglycosides suggérant que l'analyse du génome de Campylobacter est un outil très performant pour la surveillance des résistances aux antibiotiques et pourrait constituer à l'avenir un substitut de l'antibiogramme. D’autre part, les essais de conjugaisons réalisés ont permis de montrer que ces gènes de résistance, quand ils sont portés par un plasmide, peuvent diffuser d’une souche de Campylobacter à une autre par transmission horizontal! e et ainsi contribuer à leur dissémination et à l’émergence de souches multirésistantes.