Cartographie fine du QTL de la graisse sur le chromosome X du porc et analyse de trois gènes candidats positionnels.

Résumé Contexte : Le chromosome X du porc contient quatre QTL qui affectent fortement l'épaisseur de la graisse dorsale (BFT), le poids du jambon (HW), la teneur en graisse intramusculaire (IMF) et la surface de l'œil de la longe (LEA). Les intervalles de confiance (IC) de ces QTL se chevauchent et s'étendent sur plus de 30 cM, soit environ 80 Mb. Cette étude tente donc de cartographier finement ces QTL par l'analyse conjointe de deux populations F2 à grande échelle (Large White × Meishan et White Duroc × Erhualian construites par l'INRA et le JXAU respectivement) et de plus, de déterminer si ces QTL sont causés par des mutations dans trois gènes candidats positionnels (ACSL4, SERPINA7 et IRS4) impliqués dans la biosynthèse des lipides. [br/] Résultats : Une carte de liaison spécifique aux femelles avec une distance moyenne de 2 cM entre les marqueurs dans l'intervalle QTL initial (SW2456-SW1943) a été créée et utilisée ici. L'IC des QTL pour BFT, HW et LEA a été réduit à 6-7 cM, résultant de l'analyse conjointe. Pour IMF, deux QTL liés ont été révélés dans la population INRA mais pas dans la population JXAU, ce qui a entraîné un IC plus large (13 cM) pour le QTL IMF. Les analyses de liaison utilisant deux sous-ensembles de familles de mères F1 de l'INRA démontrent que les QTL BFT et HW étaient en ségrégation chez les porcs Meishan. De plus, les comparaisons d'haplotypes entre ces mères suggèrent qu'à l'intérieur de la région QTL affinée, le point froid de recombinaison (~34 Mb) flanqué des marqueurs MCSE3F14 et UMNP1218 est peu susceptible de contenir des gènes QTL. Deux SNP dans le gène ACSL4 ont été identifiés et ont montré une association significative avec le BFT et le HW, mais il est peu probable que ces SNP et les polymorphismes connus dans les deux autres gènes soient des mutations causales [br/] Conclusion : Les régions QTL candidates ont été fortement réduites et les QTL sont très probablement situés en aval du coldspot de recombinaison. La ségrégation des QTL SSCX pour le BFT et le HW au sein de la race Meishan nous donne l'occasion d'utiliser efficacement le chromosome X de Meishan dans les croisements. D'autres études devraient tenter d'identifier l'impact de la séquence d'ADN supplémentaire (par exemple CNV) et de la variation d'expression dans les trois gènes ou leurs gènes environnants sur ces caractères.