REY Amandine

Pas de résumé disponible.

Pas de résumé disponible.

Pas de résumé disponible.

Pas de résumé disponible.

Les analyses à l'échelle du génome estiment que plus de 90 % des gènes humains multi exoniques produisent au moins deux transcrits par épissage alternatif (EA). Diverses méthodes bioinformatiques sont disponibles pour analyser l'EA à partir de données RNAseq. La plupart des méthodes commencent par la mise en correspondance des lectures avec un génome de référence annoté, mais certaines commencent par un assemblage de novo des lectures. Dans cet article, nous présentons une comparaison systématique d'une approche de cartographie en premier (FARLINE) et d'une approche d'assemblage en premier (KISSPLICE). Nous avons appliqué ces méthodes à deux ensembles indépendants de données RNAseq et avons constaté que les prédictions des deux pipelines se chevauchaient (70% des événements de saut d'exon étaient communs), mais avec des différences notables. L'approche fondée sur l'assemblage a permis de trouver davantage de nouvelles variantes, notamment de nouveaux exons et sites d'épissage non annotés. Elle a également prédit des SA dans des gènes récemment dupliqués. L'approche " mapping first " a permis de trouver davantage de variantes d'épissage faiblement exprimées et de variantes d'épissage chevauchant des répétitions. Ces travaux démontrent que l'annotation des SA par une seule approche conduit à l'omission d'un grand nombre de candidats, dont beaucoup sont régulés de manière différentielle entre les conditions et peuvent être validés expérimentalement. Nous préconisons donc l'utilisation combinée des approches de cartographie et d'assemblage pour l'annotation et l'analyse différentielle des AS à partir d'ensembles de données RNAseq.

Au cours de la dernière décennie, la recherche a montré que le traitement des mots est influencé par les caractéristiques lexicales et sémantiques des mots. Cependant, les normes pour une variable sémantique cruciale, à savoir la familiarité conceptuelle, n'ont pas été disponibles pour une base de données française importante. Nous avons donc développé des normes de familiarité conceptuelle franco-canadiennes pour 3 596 noms. Ceci enrichit la base de données de Desrochers et Thompson (2009), dans laquelle les valeurs de fréquence subjective et d'imageabilité sont déjà disponibles pour les mêmes mots. Nous avons recueilli des données en ligne auprès de 313 locuteurs canadiens francophones. La base de données complète des évaluations de familiarité conceptuelle est disponible gratuitement sur http://lingualab.ca/fr/projets/normes-de-familiarite-conceptuelle. Nous avons ensuite démontré l'utilité de ces nouvelles normes de familiarité conceptuelle en évaluant leur contribution aux temps de décision lexicale. Nous avons réalisé un modèle de régression par étapes avec la familiarité conceptuelle dans la dernière étape. Cela nous a permis d'évaluer la contribution indépendante de la familiarité conceptuelle au-delà des contributions d'autres variables psycholinguistiques bien connues, telles que la fréquence, l'imageabilité et l'âge d'acquisition. Les résultats ont montré que la familiarité conceptuelle facilite les latences de décision lexicale. En somme, ces évaluations aideront les chercheurs à sélectionner des stimuli français pour des expériences dans lesquelles la familiarité conceptuelle doit être prise en compte.

Pas de résumé disponible.

Les patients souffrant de douleurs chroniques se plaignent souvent de leur "mauvaise mémoire" et de nombreuses études ont confirmé objectivement ces difficultés en rapportant des dysfonctionnements de la mémoire de travail (MM) et de la mémoire à long terme (MLT). Cet article présente une revue complète de la littérature sur les troubles de la mémoire chez les patients souffrant de douleur chronique (PC). Vingt-quatre études d'observation évaluant la MM ou/et la MLT dans un groupe souffrant de douleur chronique et dans un groupe témoin ont été incluses dans cette revue. Les résultats ont montré que les études rapportent systématiquement un déclin modéré des performances de la mémoire vive et de la mémoire à long terme chez les patients souffrant de douleur chronique. Même si les patients atteints de paralysie cérébrale se plaignent d'oublis, les mesures objectives ne permettent pas de conclure à une déficience du stockage à long terme. Les patients atteints de paralysie médullaire présentaient plus spécifiquement des difficultés d'encodage ou de récupération par rapport aux témoins. Les résultats ont montré que la douleur chronique avait un impact sélectif sur les processus de mémoire les plus exigeants en termes d'attention, tels que la mémoire de travail et le souvenir dans la mémoire à long terme. Les résultats ont également montré que les patients atteints de PC présentaient un biais de mémoire dirigé vers les événements douloureux par rapport aux sujets témoins. Plusieurs auteurs ont suggéré que la PC pourrait être une conséquence inadaptée des mécanismes de mémoire. La présence durable de la douleur renforce continuellement les associations émotionnelles aversives avec des événements fortuits. L'incapacité d'éteindre cette trace mémorielle douloureuse pourrait expliquer la persistance chronique de la douleur, même lorsque la blessure initiale a disparu. Une préoccupation majeure est la nécessité d'extraire les effets cognitifs liés à la douleur de ceux résultant de toutes les comorbidités associées à la PC, qui ont toutes un effet délétère sur la fonction cognitive.

De nombreuses études ont exploré l'effet du sommeil sur la mémoire. Il est bien connu qu'une période de sommeil, comparée à une période d'éveil similaire, protège les souvenirs des interférences, améliore les performances et pourrait également réorganiser les traces mnésiques de manière à encourager la créativité et l'extraction de règles. On suppose que ces avantages proviennent de la réactivation des réseaux cérébraux, impliquant principalement la structure hippocampique, ainsi que de leur synchronisation avec les réseaux néocorticaux pendant le sommeil, ce qui sous-tend la consolidation et la réorganisation de la mémoire en fonction du sommeil. Cependant, cette réorganisation de la mémoire est difficile à expliquer dans le cadre des modèles de mémoire classiques. Le présent article vise à décrire si l'influence du sommeil sur la mémoire pourrait être expliquée à l'aide d'un modèle de mémoire à traces multiples qui est cohérent avec le concept de cognition incarnée : le modèle de mémoire Act-In (activation-intégration). Nous proposons une approche originale des résultats observés dans la recherche sur le sommeil sur la base de deux mécanismes simples, à savoir l'activation et l'intégration.

Pas de résumé disponible.

Pas de résumé disponible.

Pas de résumé disponible.

Pas de résumé disponible.

Les analyses à l'échelle du génome révèlent que plus de 90 % des gènes humains multi exoniques produisent au moins deux transcrits par épissage alternatif (EA). Diverses méthodes bioinformatiques sont disponibles pour analyser l'épissage alternatif à partir de données RNAseq. La plupart des méthodes commencent par la mise en correspondance des lectures avec un génome de référence annoté, mais certaines commencent par un assemblage de novo des lectures. Dans cet article, nous présentons une comparaison systématique d'une approche de cartographie en premier ( FaRLine ) et d'une approche d'assemblage en premier ( KisSplice ). Ces deux approches sont basées sur les événements, car elles se concentrent sur les régions des transcriptions qui varient dans leur contenu en exon. Nous avons appliqué ces méthodes à un ensemble de données RNAseq provenant d'une lignée cellulaire de neuroblastome SK-N-SH (ENCODE) différenciée ou non par l'acide rétinoïque. Nous avons constaté que les prédictions des deux pipelines se chevauchaient (70% des événements de saut d'exon étaient communs), mais avec des différences notables. L'approche fondée sur l'assemblage a permis de trouver davantage de nouvelles variantes, notamment de nouveaux exons et sites d'épissage non annotés. Elle a également prédit des AS dans des familles de gènes paralogues. L'approche " mapping first " a permis de trouver plus de variantes d'épissage faiblement exprimées et a été plus efficace pour prédire les exons chevauchant des éléments répétés. Ce travail démontre que l'annotation des SA avec une seule approche conduit à manquer un grand nombre de candidats. Nous montrons également que ces candidats ne peuvent pas être négligés, puisque beaucoup d'entre eux sont régulés de manière différentielle entre les conditions, et peuvent être validés expérimentalement. Nous préconisons donc l'utilisation combinée des deux approches, mapping-first et assembly-first, pour l'annotation et l'analyse différentielle des AS à partir de données RNAseq.

Pas de résumé disponible.

De nombreuses preuves comportementales et neurophysiologiques soutiennent l'idée que la vue d'un outil active les composantes motrices de l'action liées à l'objet perçu (par exemple, la préhension, la manipulation de l'utilisation). Cependant, la question demeure de savoir si le traitement des composantes motrices associées à l'outil est automatique ou dépend de la situation, notamment de la tâche et de la modalité de présentation de l'outil. La présente étude a cherché à savoir si l'activation des composantes motrices impliquées dans l'utilisation d'un outil en réponse à la simple perception d'un outil est influencée par le lien entre les outils primaire et cible, ainsi que par la modalité de présentation, dans des tâches perceptives ou motrices. Pour explorer cette question, nous avons manipulé la similarité du geste impliqué dans l'utilisation de l'outil principal et de l'outil cible (identique, similaire, différent) avec deux modalités de présentation de l'outil (visuelle ou auditive) dans des tâches perceptives et motrices. Dans toutes les expériences, nous avons également manipulé la pertinence de la prime (c'est-à-dire associée ou non à la tâche en cours). Les participants voyaient un premier outil (ou entendaient le son qu'il émet), qui était immédiatement suivi d'un second outil sur lequel ils devaient effectuer une tâche perceptive (c'est-à-dire indiquer si le second outil était identique ou différent du premier) ou une tâche motrice (c'est-à-dire manipuler le second outil comme s'il s'agissait du premier). Dans les deux tâches, la similarité entre les gestes employés pour le premier et le second outil était manipulée (gestes identiques, similaires ou différents). Les résultats ont montré que les réponses étaient plus rapides lorsque les gestes de manipulation des deux outils étaient identiques ou similaires, mais uniquement dans la tâche motrice. Cet effet a été observé indépendamment de la modalité de présentation du premier outil, c'est-à-dire visuelle ou auditive. Nous suggérons que l'influence du geste de manipulation sur le temps de réponse dépend de la pertinence du premier outil dans les tâches motrices.

Pas de résumé disponible.

Pas de résumé disponible.

Selon les théories fondées de la cognition, la connaissance est fondée sur ses caractéristiques sensori-motrices. Par conséquent, les traitements perceptifs et conceptuels devraient être basés sur le même système distribué, de sorte que les processus conceptuels et perceptifs devraient interagir. La présente étude évalue si la stimulation gustative (les participants ont goûté un yaourt sucré ou non sucré) peut influencer la performance dans une tâche de catégorisation qui implique la réactivation de la même dimension sensorielle. Les résultats indiquent que les participants étaient plus lents (expérience 1) ou plus rapides (expérience 2), respectivement, à catégoriser les images comme représentant des stimuli sucrés comestibles lorsqu'ils avaient simultanément ou précédemment goûté un yaourt sucré par rapport à un yaourt non sucré. Ces résultats confirment le chevauchement significatif entre les mécanismes de perception et de mémoire et suggèrent l'équivalence fonctionnelle entre les dimensions perceptivement présentes et perceptivement absentes (mémoire réactivée).

Pas de résumé disponible.

Dans notre vie quotidienne, nous recueillons et intégrons constamment un grand nombre d’informations sensorielles (Calvert & Thesen, 2004). Tout au long de nos activités perceptives, les connaissances que nous avons sur l’environnement sont continuellement "récupérées" en mémoire. Le cadre de la cognition incarnée et située proposent que les processus cognitifs (i.e. processus mnésiques, processus langagiers) sont ancrés dans les mêmes systèmes sensorimoteurs que ceux engagés dans les processus perceptivo-moteurs (Glenberg, 1997 . Slotnick, 2004 . Pecher & Zwaan, 2005).La mémoire contient des traces sensori-motrices encodées lors des multiples expériences de l’individu dans son environnement (Versace, Labeye, Badard, & Rose, 2009). De nombreux travaux en psychologie cognitive et en neurosciences démontrent que les connaissances sont construites et (re)émergent à partir de l’activation des systèmes neuronaux typiquement associés aux mécanismes perceptivo-moteurs. Le contenu et le fonctionnement de notre mémoire sont intrinsèquement liés à nos activités sensori-motrices passées et présentes. Pour être efficace, les connaissances impliquées dans nos activités cognitives doivent être étroitement liées à la situation présente. Cette capacité à s’adapter à des situations spécifiques ne serait pas possible à moins que les connaissances, y compris les connaissances conceptuelles, soientissues de la réactivation de traces mnésiques d’expériences passées (Barsalou, 2008 . Versace et al., 2014). Réciproquement, les activités sensori-motrices sont totalement dépendantes des traces mnésiques d’expériences sensori-motrices passées. Ainsi, la différence entre perception et mémoire réside dans le fait que, dans le premier cas, les propriétés sont perceptivement présentes, tandis que, dans le deuxième cas, celles-ci sont absentes mais réactivées.Ce travail de thèse avait pour objectif d’étudier les liens entre mémoire et perception et, plus précisément, d’apporter des arguments en faveur de la similarité entre les processus mnésiques et perceptifs qui résultent de l’activation de composants de même nature sensorimotrice.Nous avons testé l’hypothèse selon laquelle des effets perceptifs devraient pouvoir être obtenus avec des composants réactivés en mémoire. Pour cela, nous avons utilisé des effets perceptifs - tels que l’effet de masquage ou les biais de jugement perceptif - afin d’explorer la possibilité de répliquer ce type d’effets avec l’intervention des dimensions mnésiques.

Pas de résumé disponible.

Résumé L'acide gras polyinsaturé n-3, l'acide docosahexaénoïque (DHA), présente des propriétés anti-inflammatoires qui pourraient prévenir la progression de l'athérosclérose. L'exposition de souris déficientes en apolipoprotéine-E (ApoE -/- ) à l'hypoxie intermittente chronique (CIH) accélère la progression de l'athérosclérose. Notre objectif était d'évaluer l'influence d'une supplémentation en DHA sur l'incorporation des acides gras dans différents tissus/organes et sur la progression de l'athérosclérose chez les souris ApoE -/- exposées à l'hypoxie chronique intermittente. Les souris ApoE -/- ont été exposées à la CIH ou à la normoxie (N) et réparties aléatoirement en quatre groupes (contrôle N, contrôle CIH, N+DHA, et CIH+DHA). La supplémentation en DHA a augmenté le contenu en DHA et réduit le contenu en acide arachidonique (AA) dans les tissus/organes. Les souris témoins CIH ont présenté une augmentation de la taille des lésions d'athérosclérose par rapport aux souris témoins N. Le DHA a empêché l'athérosclérose induite par la CIH mais n'a pas amélioré le fardeau de l'athérosclérose chez les souris N. L'expression de la métalloprotéinase-2 (MMP-2) de la matrice aortique a diminué chez les souris CIH+DHA ( p =0,007). La supplémentation en DHA a empêché l'accélération de l'athérosclérose induite par la CIH. Ceci était associé à une diminution de l'incorporation d'AA et de l'expression du gène de la MMP-2 aortique.

Pas de résumé disponible.

Pas de résumé disponible.